简单说就是理科与工科的区别，即自然科学和工程技术。
自然科学领域与工程技术领域
中国科学院（chinese academy of sciences）是自然科学研究的最高学术机构。
中国工程院（chinese academy of engineering）是工程技术研究的最高学术机构。
从字面来看，就是自然科学（science）与工程技术(engineering)的区别。
或许有人不理解二者的区别，简单来说自然科学是描述自然现象规律的本质、机制、机理等科学理论，工程技术则是将科学理论在生活中实现应用。
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例如，爱因斯坦提出相对论属于自然科学研究，解释清楚原子之间相互作用力如何计算，在这一理论指导下，工程师们发明出了威力恐怖的原子弹。所以，中科院就是搞类似于相对论这样的理论科学研究，而中国工程院就是搞原子弹如何发明的这类工程应用技术研究。
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成立时间不同
从成立时间来看，中科院成立在前，中国工程院成立在后。
1949年9月27日，中国科学院成立，郭沫若为第一任中科院院长。
中国工程院的成立与中国科学院有密切联系。
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早在1955年，中国科学院技术科学部成立，并于1981年讨论成立“中国工程与技术科学院”，随后，科学家们在《光明日报》上刊登了一篇题为《实现四化必须发展工程科学技术》的文章，讨论成立工程科学技术对我国的重要性，这是为成立工程院作前期舆论准备。
1994年6月3日，中国工程院成立。
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两院院士
中科院与中国工程院均设立院士制度，均为每两年增选一次。院士选举第一条就是要求分别在科学技术领域或工程科学技术领域作出重大的、创造性的成就和贡献。全国先后有1300余位科学家当选为中国科学院院士，1000多人当选中国工程院院士，他们是新中国科技工作者的杰出代表。
一个人能同时当选两院院士吗？
可以，例如钱学森就是两院院士。只要符合院士评审条件即可参评。
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中国科学院是我国最高的科学研究机构和自然科学的研究中心。是我国科研力量最雄厚的科研单位，其于1949年11月创立。有数学物理学部、化学部、生物学部、地学部和技术科学部，有十二个分院，在全国遍布有134个研究机构。学部大会及其选举的主席团是最高权力机构，主要职责是组织学部委员会研究国家的科技发展及现代化建设中的科技问题，参与国家重大科技决策和经济决策活动，承担国家国民经济及国防建设的一些尖端科技研究，促进我国高科技的产业发展。中科院的院士都是在各自研究领域有卓越贡献的知名学者。中国科技大学及研究生院是中国科学院培养人才的摇栏。
中国工程院是1994年从中国科学院分离出去的，主要从事工程科技等重大领域的战略决策与咨询。目前下设有9个工程学部。其没有实体科研机构。像袁隆平即是中国工程院院士。不过中国工程院院士都是荣誉性的。
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